H01 皮层全层切块 · 电镜重建
人颞叶皮层手术样本中 300 µm 宽的全层切块(小窗放大显示切块中段,点“放大查看”看完整全层):25 个经人工校对的神经元与 L1–L6、白质分层;桌面设备上另显示同一样本的血管网络,以及按固定规则抽取的少量胶质细胞和第1层神经元(自动分割,未经人工校对)。与模板脑未配准,不对应任何图谱位置;随主视图同步旋转,仅便于观察。
点击载入,独立调节三个组织区域的透明度,观察深部结构与群体通路体积。
人脑 · 3D
人体模板 · B 类结构估计D 类 · 程序示意显示增强 · GPU
组织材质只改变大脑、小脑与脑干表面的显示(D 类):固定标本的颜色是多张许可明确的固定脑标本照片的测色均值;新鲜组织只是低置信度估计,来自术中与内镜照片和未固定的尸检切片,其中脑干与脑室的取样来自脑积水或肿瘤手术。高光、湿润光泽与次表面散射半径是参考文献光学参数的显示近似,不是实测;触屏或小内存设备默认关闭散射。“分类色”配色下不使用材质。
载入全分辨率皮层后,剖面上的皮层灰质带按 FreeSurfer 软脑膜面与白质面精确求交绘制(边界几何 B 类,颜色取模板 T1 灰质的中位亮度,D 类);白质内部、深部核团、脑室、小脑与脑干仍显示 1 mm 模板 T1。
脑动脉来自 Mouches 与 Forkert 2019 的群体平均动脉图谱(CC0),由 FSL MNI152 空间变换到本模板;只含较粗的近端动脉;颈内动脉显示到岩骨段,椎动脉只剩短段;个别短分叉、断开的小环与合并成一根的两侧胼周动脉是平均图谱造成的显示瑕疵;保留的动脉树中未发现静脉结构,但不能保证完全排除。
把 HCP1065 群体平均纤维流线(Yeh 2022)的两端归到 68 个 DK 皮层分区与 19 个皮层下、小脑和脑干结构,统计每对区域之间的流线条数;只画条数不少于 35 的 398 条连线(约占区域间流线的 98.6 %),管越粗条数越多(对数比例)。它不是突触连接、轴突数目、信号方向或功能连接;节点位置和弯曲连线只是示意,真实走行请看纤维束流线。颜色:橙为左半球内,蓝为右半球内,紫为跨半球,绿为至少一端在皮层下;米色球为皮层分区,浅蓝球为皮层下结构。颅神经流线不计入;23 条大脑皮层与小脑之间的连线多为追踪伪迹(越过小脑幕,或在 z≈−50 mm 处被截断的脑干纤维)或多突触通路,已在数据中标注。左右两侧的差异主要来自图谱中各纤维束的流线数不同,不代表测得的偏侧化。需要把大脑组织调成半透明才能看见;显示网络图时隐藏纤维束体块。
打开后替换 ASEG 的尾状核、壳核、苍白球与伏隔核(丘脑、海马、杏仁核仍用 ASEG),并隐藏 16 个块状通路体积;通路可改用下方的“全脑纤维束流线”查看。
边缘系统核团来自 CIT168 杏仁核图谱、MASSP 2.0 与 Neudorfer 2020 下丘脑图谱,打开后替换 ASEG 的杏仁核与海马;与深部核团一样,打开任一组核团都会隐藏块状通路体积。小脑与脑干核团来自 NextBrain 离体图谱的左半球,右侧由左侧镜像得到(显示用,非实测);蓝斑、中缝核与多数脑神经核在 p≥0.5 时体积不足 4 mm³,没有显示。与上面的深部核团同时打开时,其中的下丘脑与扩展杏仁核由更细的结构代替;来自不同图谱的相邻结构仍会部分重叠,例如未定带约一半落在丘脑底核内,胆碱能基底前脑与腹侧苍白球、楔形网状结构与脚桥核也有重叠。小脑与脑干核团所用的 NextBrain 坐标比本模板大约 9%,位置可能偏差 3–7 mm。
类别色:联络 橙、连合 红、投射 蓝、小脑 紫、脑神经 黄绿(与抽屉里“分类色”结构配色不是同一方案)。
全分辨率皮层是同一 FreeSurfer 模板重建的左右软脑膜面(共 320,569 个顶点、641,130 个面,几何 B 类),桌面设备默认载入(约 10.5 MB),触屏或小内存设备需手动打开;载入前显示抽稀版;全分辨率皮层不透明时隐藏 16 个块状通路体积(它们会从更深的脑沟里露出碎片),调高大脑透明度后照常显示;通路也可用下方的纤维束流线查看。顶点以 float32 保存,与源坐标相差小于 0.00001 mm,和源表面一样没有自相交。可按 Desikan-Killiany(34 区)或 Destrieux(74 区)分区着色,颜色取自 FreeSurfer 色表,仅作定位参考,分区着色时不使用组织材质。高分辨率小脑与脑干由 0.5 mm 的 MNI ICBM 2009b 模板 T1 在 ASEG 标签附近按固定等值面提取(约 3.4 MB,桌面默认载入),能看到原裂、水平裂、蚓部各裂、小脑叶片条纹、扁桃体与脑干表面结构;它是群体平均模板,多数叶间裂没有打开,裂缘上的细小通道和锯齿是 0.5 mm 网格的取样伪影;脑干约三分之一是切面(与小脑相接处、上端 ASEG 边界、下端模板视野),打开时隐藏原来的第四脑室网格。来源为 B 类:FreeSurfer sulc/curv、MNI 2009c T1 模板、ASEG 脑室标签、HCP1065 群体平均纤维追踪流线(87 束共 503,085 条,分 T0–T4 五档:每束的流线按固定的分层顺序排列,各档是同一顺序的前缀,T0、T1 每束约 1.6√n、8√n 条,T2、T3、T4 为每束 25%、50%、100%;线性化后与原始流线相差不超过 0.3 mm;T0、T1 档各束的显示密度不能互相比较,不代表纤维束大小;流线不是轴突;模板 z≈−50 mm 以下被原图谱裁去;触屏或小内存设备最多 T1)与 H01 电镜重建(25 个人工校对神经元,切块与模板脑未配准)。方向色:左右红、前后绿、上下蓝。明暗、切面配色、脑室颜色,以及流线的颜色、管径(屏幕上至少约 1 像素)与遮蔽阴影均为 D 类显示;乳白示意色模仿剥离标本的外观,不是实测颜色。沟回明暗在 GPU 绘制时默认开启并自动载入其数据(约 0.3 MB),其他各项在打开开关时才下载。仅 GPU 绘制时可用,不写入视图 JSON。